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为落实中俄两国总理定期会晤成果、国家及省市“十三·五”发展规划纲要，以及中科院与安徽省在科技成果转化领域合作精神，基于国家创新驱动发展战略、系统推进全面创新改革试验的核心任务总体要求，中科院合肥物质科学研究院与合肥市政府合作共建“合肥离子医学中心”，以“合作+自主”创新模式，依托“EAST超导托克马克实验装置”等国家大科学工程技术基础，与国际一流科研院所、跨国企业、医疗机构合作，引进成熟、先进的质子治疗系统，研制超导质子治疗系统等国际水准的高端医疗装备，整合创新资源、开展多学科交叉研究、催生变革性技术，推动高端医疗装备产业布局，建设集离子医学技术研发、治疗、培训、数据化处理中心和离子医学医疗装备的研发、国产化两个公共平台为一体的创新科技基地，助力安徽省及合肥市战略性新兴产业发展。
2016年3月，合肥中科离子医学技术装备有限公司成立。作为合肥综合性国家科学中心创新平台之一——合肥离子医学中心的自主研发承担单位，依托大科学项目研发基础，结合合肥大健康产业和高端医疗装备产业发展，成功将超导核聚变技术落地产业化。
公司已通过ISO9001和ISO13485质量体系认证，成立安徽省超导回旋加速器标准化技术委员会。公司技术骨干曾参与国际热核聚变实验堆与超导托卡马克实验装置两项国际项目的研发，在超导技术上具有丰富的实战经验。公司在加速器物理、束流光学、超导技术、低温技术、强磁场技术、精密机械加工、辐射和离子生物学等方面有国际一流的技术优势。公司拥有研发人员150人，国内专家团队15人，硕士及以上学历占80%，正高级和副高级研究人员占40%，发表论文数百篇，申请专利近百项，企业标准、地方标准和行业标准共数十项。公司成立了以俄、法、美、日、德、瑞等国的几十位核能、放射、医疗领域的专家组成的国际专家组，与俄罗斯联合核研究所（JINR）合作成立中俄超导质子联合研究中心；与瑞士保罗谢勒国家实验室建立战略合作伙伴关系；与法国原子能署、意大利国家核物理研究院、波兰科学院核物理研究所等国际一流机构保持紧密合作；与安徽省立医院、合肥离子医学中心等医疗机构共建质子治疗系统医疗联合体；与国际先进成熟的质子治疗系统研发生产企业和中国科技大学等科研院所广泛合作。高品质的人才实力、雄厚的科技支撑，为国产化超导质子治疗系统的研发打下坚实的基础。