新型分子亚型的鉴定和基于前列腺癌下垂相关基因预测预后和治疗反应的标记

Zhang J, Jiang S, Gu D, Zhang W, Shen X, Qu M, Yang C, Wang Y, Gao X. Identification of novel molecular subtypes and a signature to predict prognosis and therapeutic response based on cuproptosis-related genes in prostate cancer. Front Oncol. 2023 May 2;13:1162653. doi: 10.3389/fonc.2023.1162653. PMID: 37205181; PMCID: PMC10185853.

背景：前列腺癌（PCa）是男性泌尿系统最常见的恶性肿瘤。Cuproposis作为一种新型调节性细胞死亡，在PCa中仍不清楚。本研究旨在探讨铜下垂相关基因（CRGs）在PCa分子分层、预后预测和临床决策中的作用。

方法：通过聚类分析鉴定Cuproposis相关分子亚型。通过 LASSO cox 回归分析构建预后特征，并进行 10 倍交叉验证。它在内部验证队列和八个外部验证队列中得到了进一步验证。使用ssGSEA和ESTIMATE算法比较了两个风险组之间的肿瘤微环境。最后，利用qRT-PCR在细胞水平上探索这些模型基因的表达和调控。此外，使用4D无标记LC-MS/MS和RNAseq研究关键模型基因B4GALNT4敲低后CRG在蛋白质和RNA水平上的变化。

结果：鉴定出两种与Cuproposis相关的分子亚型，在预后、临床特征和免疫微环境方面存在显著差异。免疫抑制微环境与预后不良有关。构建了由五个基因（B4GALNT4、FAM83D、COL1A、CHRM3和MYBPC1）组成的预后特征。签名的性能和泛化性在来自多个中心的八个完全独立的数据集中得到了验证。高危组患者预后较差，免疫细胞浸润较多，免疫相关功能较活跃，人白细胞抗原和免疫检查点分子表达较高，免疫评分较高。此外，还基于风险特征分析了抗PDL-1免疫治疗预测、体细胞突变、化疗反应预测和潜在药物预测。4个模型基因在qPCR中的表达和调控验证与生物信息学分析结果一致。转录组学和蛋白质组学分析表明，关键模型基因B4GALNT<>可能在转录后通过蛋白质修饰来调节CRG。

结论：本研究确定的铜下垂相关分子亚型和预后特征可用于预测预后，并有助于PCa的临床决策。此外，我们在PCa中发现了一个潜在的与铜下垂相关的癌基因B4GALNT4，可作为治疗PCa与铜下垂联合治疗的靶标。